Wizara ya Uchumi wa Buluu na Uvuvi inaongozwa na Waziri wa Uchumi wa Buluu na Uvuvi.
Katika ngazi ya kiutendaji Wizara inaongozwa na Katibu Mkuu akisaidiwa na Naibu Katibu Mkuu pamoja na Idara tano (5), Ofisi Kuu Pemba na Vitengo sita (6) vinavyoripoti moja kwa moja kwa Katibu Mkuu. Aidha, Wizara ina jumla ya Taasisi nne (4) zinazojitegemea.
Mchanganuo wa Idara, Ofisi, Vitengo na Taasisi zinazojitegemea ni kama ifuatavyo:-
IDARA NA OFISI
i. Idara ya Uendeshaji na Utumishi.ii. Idara ya Mipango, Sera na Utafiti
iii. Idara ya Maendeleo na Uratibu wa Uchumi wa Buluu.
iv. Idara ya Maendeleo ya Uvuvi na Mazao ya Baharini.
v. Idara ya Uhifadhi wa Maeneo ya Bahari.
vi. Ofisi Kuu – Pemba.
VITENGO
i. Kitengo cha Uhasibu.ii. Kitengo cha Uondoshaji Mali za Umma.
iii. Kitengo cha Ukaguzi wa Hesabu za Ndani.
iv. Kitengo cha Sheria.
v. Kitengo cha Uhusiano.
vi. Kitengo cha Teknolojia ya Habari na Mawasiliano (TEHAMA).
TAASISI ZINAZOJITEGEMEA
i. Kampuni ya Uvuvi Zanzibar (ZAFICO). ii. Taasisi ya Utafiti wa Uvuvi na Maliasili za Baharini Zanzibar (ZAFIRI).
iii. Kampuni ya Maendeleo ya Mafuta (ZPDC).
iv. Mamlaka ya Uthibiti, Utafutaji na Uchimbaji wa mafuta (ZPRA).