Katika kutekeleza miundo ya kitaasisi kwa sekta za umma, na kama zilivyo Wizara nyengine, Wizara ya Uchumi wa Buluu na Uvuvi, Afisi ya Pemba, inasimamiwa na Afisa Mdhamini wa Wizara ambaye anateuliwa na Mheshimiwa Rais wa Zanzibar na Mwenyekiti wa Baraza la Mapinduzi.
Kwa mantiki hiyo, Wizara ya Uchumi wa Buluu na Uvuvi, Ofisi Kuu Pemba, chini ya usimamizi wa Afisa Mdhamini, inatakiwa kwa mujibu wa sheria kusimamia na kutekeleza majukumu yote ya Wizara pamoja na taasisi zake kwa upande wa Pemba.